Древняя история
Согласно результатам Западно-Кавказской археологической экспедиции в центре города, в районе нынешнего парка «Городской сад», было обнаружено крупное меотское городище, существовавшее здесь с IV или III века до нашей эры. Также, вблизи Краснодара (на территории нынешней станицы Елизаветинской), на берегу Кубани располагался древний город Боспорского царства с крепостными укреплениями.
Новое время
30 июня 1792 года Черноморскому казачьему войску императрицей Екатериной II была выдана Жалованная Грамота, по которой казакам, служившим и живущим здесь, на вечное владение передавалась кубанская земля, ограниченная рекой Кубанью и Азовским морем, а с востока условной линией от устья Лабы до Ейского городка.
В 1793 году черноморскими казаками был основан нынешний город Екатеринодар, первоначально как военный лагерь, а позднее как крепость. Своё название город получил как дар императрицей Екатериной II черноморским казакам кубанской земли (дословно Екатеринодар означает дар Екатерины). Первым городничим войскового града Екатеринодара до января 1795 года был Данила Савинович Волкорез.
18 сентября 1794 года Гетманов, командированный из Симферополя землемер, начал размежевание и разбивку улиц города по плану, утверждённому Таврическим генерал-губернатором Семёном Семёновичем Жегулиным. Согласно этому плану на берегу реки Карасун расположена войсковая крепость, в центре которой расположена церковь, а вокруг сей — курени-казармы; севернее крепости рубили леса и возводили жилые дома черноморцев. По переписи, проведённой 11 ноября 1794 года городничим, в Екатеринодаре проживало 586 человек, построено 9 домов, 75 хат, 154 землянки, вскоре число дворов возросло до 370.
В 1830 году в пяти верстах от Кубани, у Карасуна, были построены две печи ёмкостью 45 и 38 тысяч кирпича с целью производства кирпича для строительства в городе помещений войсковой канцелярии, городской полиции, земского начальства, дома для дворянских собраний и провиантского склада.
С 1860 года Екатеринодар стал административным центром образованной Кубанской области. Статус города Екатеринодар получил в 1867 году. С проведением в 70—80-х годах XIX века железной дороги на Северном Кавказе (Тихорецк — Екатеринодар — Новороссийск), город превратился в крупный торгово-промышленный и транспортный центр Северо-Кавказского региона. Благодаря этому в городе, помимо казаков, начинают селиться купцы. В начале XX века здесь строятся первые заводы — металлообрабатывающий и чугунолитейный, появляется центр переработки нефти, которую привозили сюда из Майкопа.
В период Гражданской войны
В годы гражданской войны Екатеринодар де-факто стал столицей Белого юга России.
Штурм города частями армии генерала Л. Г. Корнилова 27 марта (9 апреля) — 31 марта (13 апреля) 1918 г. стал кульминацией Первого Кубанского похода Добровольческой армии с Дона на Кубань. В ходе штурма погиб главнокомандующий, сменивший его генерал А. И. Деникин принял решение снять осаду города и отвести армию обратно на Дон.
Через 5 месяцев, в ходе Второго Кубанского похода город был взят Добровольческой армией генерала Деникина в ходе штурма 1 (16) — 2 (17) августа 1918 года.
В 1919—1920 годы в Екатеринодаре и окрестностях города действовал Екатеринодарский подпольный партийный комитет (А. А. Лиманский, В. Ф. Чёрный, М. Кочин и М. Маслиев), координировавший деятельность нескольких подпольных организаций и боевых групп и красных партизан.
17 марта 1920 года Екатеринодар был оставлен ВСЮР и занят частями 9-й армии РККА. Власть в городе перешла к Кубанскому исполнительному комитету, а затем к Кубанскому областному революционному комитету. 7 декабря 1920 года постановлением Наркомата внутренних дел РСФСР город был переименован в Краснодар. Поводом для такого постановления послужила отправленная 7 ноября телеграмма за подписью предкубчероблревкома Я. В. Полуяна.
Советский период
29 марта 1920 года была образована Кубано-Черноморская область РСФСР с центром в Краснодаре, вошедшая в 1924 году в состав Юго-Восточной области, затем Северо-Кавказского края с центром в Ростове-на-Дону. Краснодар стал центром Кубанского округа, упраздненного в 1930 году.
С 1922 по 1936 годы в Краснодаре также находились исполнительный комитет Совета рабочих и крестьянских депутатов Адыгейской (Черкесской) автономной области и другие её партийно-хозяйственные органы. Краснодар, являясь по сути центром Адыгейской автономной области, не входил в её состав.
Культурная жизнь Краснодара заметно преобразилась в 1930-х годах. Тогда в городе появились драматический театр им. Горького и театр оперетты. В 1933 году в Краснодаре был открыт аэропорт «Краснодар».
10 января 1934 года Северо-Кавказский край был разделен на две части: Краснодарский район вместе с городом отошел к Азово-Черноморскому краю. 13 сентября 1937 года постановлением ВЦИК последний был разделён на Краснодарский край с центром в г. Краснодаре и Ростовскую область с центром в г. Ростове-на-Дону.
9 августа 1942 года Краснодар был занят немецко-фашистскими захватчиками. Всего во время оккупации было уничтожено более тринадцати тысяч советских граждан, в том числе при помощи «душегубок» — впервые применённого фашистами в Краснодаре способа массового уничтожения людей. 12 февраля 1943 года город был освобождён частями Красной армии. В июле 1943 года в Краснодаре впервые состоялся открытый судебный процесс над пособниками немецких оккупантов.
Краснодар попал в десятку самых разрушенных во время войны советских городов. Уходя, фашисты взорвали и подожгли большую часть центральной части города. После войны развалины старого города были снесены. Власти СССР отстроили старый центр, построив вокруг него новые районы, автодороги и многоэтажные здания.
В середине января 1961 года в городе произошли массовые беспорядки.
14 июня 1971 года в Краснодаре произошёл теракт: душевнобольной Пётр Волынский произвёл взрыв в рейсовом автобусе. В результате происшествия погибло 10 человек.
В 1973 году для обеспечения выполнения производственных и мелиоративных мероприятий в юго-восточной части Краснодара было построено Краснодарское водохранилище, обеспечившее также защиту города от весенних паводков.
Постсоветский период
После распада СССР по всей России наблюдалось сильное снижение числа населения, однако это снижение Краснодара не коснулось — после 1991 года здесь, наоборот, отмечалось увеличение числа жителей.
С начала 1990-х годов многие улицы города были вновь переименованы, с возвращением им прежних старых названий.
В 2004 году в состав города как микрорайоны были включены посёлки — Калинино и Пашковский.
В 2007 году стартовала программа «Краснодару — столичный облик», в ходе которой планировалась модернизация городской инфраструктуры, проведение масштабного дорожного строительства, обновление городского транспорта, но, практически ничего из намеченного так и не было сделано. Из аварийного жилья переселено 700 семей. В советское время многие ценные исторические здания в центре города оказались обделены вниманием и подвергались медленной деградации. Однако положение так-же не удалось исправить. Многие жилые дома, усадьбы и общественные здания в центре города находятся плачевном состоянии.
